對中藥材真、偽、優、劣的傳統鑒別方法在同仁堂已經傳承了300余年。今天，雖然北京同仁堂有了高科技的質檢設備，但是中醫藥技師們至今仍保留著傳統的眼看、手摸、鼻聞、口嘗的中藥材鑒別方法。經傳統方法鑒別合格之后，再按照藥典的標準采用現代方法進行檢驗，實現了藥材檢驗雙把關。北京同仁堂的生產管理，嚴格按照藥品生產質量管理規范標準執行。北京同仁堂成藥所用藥材質量標準，從產地、加工、商業等級、栽培等都給予了明確規定，所有原料都按照上等、純潔、地道的標準入藥。
目前，北京同仁堂研究院依托國家中醫藥管理局中醫藥標準化建設研究項目，利用現代化分析技術順利完成了安宮牛黃丸標準化建設研究，成功建立了客觀、準確的質量內控標準。該項研究采用中藥特征圖譜整體質量分析方法，實現了對中成藥制劑中天然麝香、天然牛黃、黃絲郁金、梔子、味連等藥物的優質特色質量的同步控制，為建立符合國際標準且擁有中藥自身特色的質量標準評價體系奠定了堅實基礎。
